CIR : connaître les règles pour éviter sa remise en cause

Conditions pour bénéficier du CIR

Entreprises et champ d’application. Bénéficient du CIR les entreprises industrielles, commerciales, artisanales et agricoles, quel que soit leur statut juridique, soumises à l’impôt sur les sociétés (IS) ou à l’impôt sur le revenu (IR) selon un régime réel d’imposition ainsi que les sociétés commerciales exerçant une activité libérale qui se livrent à des activités de recherche et développement (R&D), particulièrement ciblées. En effet, l’avantage fiscal est réservé exclusivement aux travaux relatifs à la recherche fondamentale et appliquée, ainsi qu’au développement expérimental.

Par ailleurs, le CIR ne peut porter que sur des dépenses correspondant à des opérations de recherche localisées au sein de l’Union européenne (UE) ou dans un autre État partie à l’accord sur l’Espace économique européen (EEE) ayant conclu avec la France une convention d’assistance administrative, en vue de lutter contre la fraude et l’évasion fiscales.

Tolérance. Cette condition ne s’applique pas aux dépenses de veille technologique et de défense des brevets.

Nature des dépenses éligibles :

• dotations aux amortissements fiscalement déductibles des immobilisations ;
• dépenses de personnel ;
• rémunérations et justes prix au profit des salariés auteurs d’une invention résultant d’opérations de recherche ;
• dépenses de personnel relatives aux jeunes docteurs ;
• dépenses de fonctionnement ;
• frais de prise, de maintenance, de défense de brevets et de certificats d’obtention végétale (COV) ;
• dotations aux amortissements des brevets acquis en vue de la recherche et des COV ;
• dépenses liées à la normalisation ;
• primes et cotisations ou part des primes et cotisations liées à des contrats d’assurance de protection juridique prévoyant la prise en charge des dépenses exposées dans le cadre de litiges portant sur un brevet ou un COV dont l’entreprise est titulaire dans la limite de 60 000€ ;
• dépenses de veille technologique dans la limite de 60 000 € ;
• dépenses de sous-traitance pour la réalisation d’opérations de recherche. Pour être éligibles, celles-ci doivent être confiées à des organismes de recherche publics ou assimilés (CGI art. 244 quater B, II-d) ou à des organismes de recherche privés ou des experts scientifiques ou techniques agréés (CGI art. 244 quater B, II-d bis) . Et la prise en compte de ces dépenses dans la base du CIR fait l’objet de modalités de calcul et de plafonnements spécifiques ;
• dépenses de collection exposées par les entreprises du secteur textile-habillement et cuir (jusqu’au 31.12.2022).

Précisions afférentes au mode de calcul. Le CIR est déterminé par année civile, quelle que soit la date de clôture de l’exercice. Les entreprises bénéficiaires de l’avantage fiscal sont tenues de déduire des bases de calcul les subventions publiques reçues pour les projets de recherche. En contrepartie et logiquement, les subventions restituées sont ajoutées au montant de l’assiette ouvrant droit au CIR au titre de l’année de leur remboursement.

Taux du CIR. Le taux du crédit d’impôt recherche est de 30 % jusqu’à 100 M€ de dépenses de recherche (ou 50 % dans les départements d’Outre-mer et en Corse) et de 5 % au-delà.

Obligations déclaratives. Les entreprises éligibles doivent déposer respectivement la déclaration n° 2069-A-SD avec le relevé de solde n° 2572 pour celles soumises à l’IS et avec la déclaration de résultat pour celles soumises à l’IR. Le montant du crédit d’impôt calculé à partir de la déclaration n° 2069-A-SD est reporté sur la déclaration n 2069-RCI-SD.

Attention ! Pour les déclarations déposées depuis le 01.01.2020, les entreprises dont le montant de dépenses de recherche ouvrant droit au CIR est supérieur à 10 M€ sont tenues de déposer également l’annexe n° 2069-A-1-SD décrivant la nature des travaux de recherche en cours, leur état d’avancement, et les moyens matériels et humains qui leur sont consacrés avec leur localisation.

Bon à savoir. Pour vous assurer que votre projet de recherche est éligible au CIR, n’hésitez pas à recourir à la procédure de rescrit fiscal ( LPF art. L 80 B-3° et 3° bis,voir ce numéro pp. 8-9 « Rescrit fiscal : les règles à connaître » ).

Sort du crédit d’impôt. Il est imputé sur l’IS ou sur l’IR dû par l’entreprise au titre de l’année au cours de laquelle les dépenses de recherche ont été exposées.

En cas d’impossibilité d’imputation, notamment sur un bénéfice trop faible, le crédit excédentaire non imputé constitue une créance sur l’État. Celle-ci peut servir au paiement de l’impôt dû au titre des trois années suivantes, et le montant de la fraction du CIR éventuellement non utilisée n’est remboursé, en principe, qu’à l’expiration des trois ans.

Exception : remboursement immédiat. La créance de CIR est immédiatement remboursable aux PME de moins de 250 salariés, réalisant un chiffre d’affaires de 50 M€ maximum (ou ayant un bilan annuel de 43 M€ au plus), aux entreprises nouvelles au titre de l’année de création et les quatre années suivantes, aux jeunes entreprises innovantes (JEI) et aux entreprises en procédure collective (conciliation, sauvegarde, redressement ou liquidation judiciaire (CGI art. 199 ter B II) .

Les modalités de contrôle du CIR

Dispositif de contrôle spécifique. Le législateur a mis en place un dispositif de contrôle très spécifique : la réalité de l’affectation à la recherche des dépenses prises en compte pour la détermination du CIR peut être vérifiée par le ministère de l’Enseignement supérieur, de la Recherche et de l’Innovation (MESRI), indépendamment de toute initiative de la part de l’administration fiscale (LPF art. L 45 B) .

Mais l’intervention de ces fonctionnaires spécialisés est susceptible bien entendu d’être déclenchée à la demande de Bercy.

Déroulement de la procédure de contrôle. L’entreprise qui reçoit une demande de justifications d’un agent du MESRI est invitée à répondre dans un délai de 30 jours, prorogé éventuellement, à sa demande, de la même durée.

La réponse doit être appuyée des documents nécessaires à l’expertise de l’éligibilité des dépenses engagées, soit impérativement :

• les documents scientifiques et techniques afférents aux opérations de recherche réalisées en interne ou confiées à un prestataire ;
• les justificatifs relatifs aux personnes affectées aux projets de recherche concernés (qualification et temps passé) ainsi que les documents fiscaux et comptables se rapportant aux dépenses déclarées.

Une seconde demande de justifications. S’il estime que les éléments présentés ne sont pas satisfaisants, l’agent du MESRI se réserve la possibilité d’adresser une seconde demande à laquelle l’entreprise est tenue de répondre dans un délai de 30 jours, non prorogeable.

Bon à savoir. Dans ce délai, le dirigeant peut demander un entretien avec le représentant du MESRI pour lui permettre de produire des éléments complémentaires non fournis initialement.

Visite sur place. L’agent du MESRI peut se rendre sur place, après l’envoi d’un avis de visite, pour notamment, consulter les documents comptables, annexes et justificatifs et effectuer toute constatation matérielle en procédant à des vérifications techniques, en vue de s’assurer de la réalité des dépenses affectées à la recherche et de la réalité de l’activité de recherche à laquelle les dépenses ont été affectées.

Un avis motivé. L’avis émis par l’agent du MESRI est notifié à l’entreprise et communiqué à la DGFiP. S’il entend contester la réalité de l’affectation à la recherche des dépenses prises en compte pour la détermination du crédit d’impôt, son avis doit être motivé.

Conclusion du contrôle. L’administration fiscale est seule compétente pour remettre en cause l’obtention du CIR, et ce, par le biais d’une vérification de comptabilité traditionnelle. Par conséquent, si le contrôle s’achève par l’annulation partielle ou totale de l’avantage fiscal, l’inspecteur des Finances publiques a l’obligation d’adresser à l’entreprise une proposition de rectification dûment motivée (LPF art. L 57) .

Hormis les motifs résultant de ses propres constatations, l’inspecteur est tenu d’évoquer clairement les éléments communiqués par le MESRI dans le corps de la proposition de rectification.

Recours. Vous avez la possibilité de contester le redressement du CIR en réponse à la proposition de rectification (LPF R*57-1) .

Si l’inspecteur maintient une position inéquitable selon l’avis de votre expert-comptable, voire surtout celui d’un avocat fiscaliste spécialisé en la matière, vous avez la faculté de saisir le Comité consultatif du crédit d’impôt pour dépenses de recherche à condition que la remise en cause de votre avantage fiscal ait été notifiée suivant la procédure de rectification contradictoire.

Attention ! Cette demande de saisine doit être adressée obligatoirement dans le délai de 30 jours à compter de la réception de la réponse de l’inspecteur à vos observations.